Le isole possono essere classificate come aride o semi-aride scogliere di calcare fratturato, ricche di pini come San Domino oppure, come le isole minori, prive per la maggior parte di superfici boschive.Ogni isola è molto piccola e la più grande di queste può essere attraversata a piedi in una camminata di meno di due ore. Le isole abitate sono due: S.Domino, dove si trovano la maggior parte delle attività commerciali, e S.Nicola
La bellezza incontaminata di queste isole e il mare limpido e cristallino, riccamente popolato sia da vegetazioni che da comunità animali fanno definire questo arcipelago “le perle dell’Adriatico”.
Per meglio valorizzare questo patrimonio naturale è stata instituita la Riserva Marina delle Isole Tremiti facente parte del Parco Nazionale del Gargano.